ادویه‌، به علت افزایش اشتها و همچنین افزایش طعم، رنگ و عطر به نوشیدنی‌ها و موادغذایی، در سراسر جهان محبوب است. زعفران (Crocus Sativus Linnaeus) معروف به طلای سرخ یکی از گرانترین و با ارزش‌ترین ادویه‌جات در جهان است. زعفران در صنایع غذایی، عمدتا به عنوان ماده رنگی و طعم‌دهنده استفاده می‌شود. خواص ارزشمند دارویی زعفران نیز اثبات شده است. در این مطالعه، به بررسی اثر اشعه مادون قرمز پالسی (PIR) بر آلودگی زدایی شمارش کلی باکتری ها، شمارش کلی کپک مخمر، اسپورهای Aspergillus flavus، D-values، فعالیت آنتی اکسیدانی و محتوای فنلی کل، انرژی مصرفی کل، ترکیبات موثره توسط توسط اسپکتروفتومتری، FTIR و HPLC، تغییر رنگ، پروفایل دمایی و مورفولوژی سطح با میکروسکوپ الکترونی روبشی و در نهایت مدلسازی میکروبی در زعفران سرگل نگین پرداخته شد. کیفیت زعفران توسط بررسی میزان تغییرات سافرانال، کروسین و پیکروسین و اندیس‌های رنگی در زعفران سرگل نگین انجام شد. اثر پارامترهای عملیاتی پرتو PIR، توان (250، 350 و 450  وات)، فاصله نمونه (10، 20 و 30 سانتی‌متر) ، زمان تابش (0-20 دقیقه) و تعداد پالس PIR (1، 2 و 3 پالس) ارزیابی شد. بر اساس نتایج بدست آمده به طور کلی با افزایش توان تابش PIR و تعداد پالس PIR و کاهش فاصله، میزان سافرانال در  زعفران سرگل نگین  به شکل معنی­داری کاهش یافت (05/0P<). با افزایش توان تابش PIR و تعداد پالس PIR و کاهش فاصله، میزان کروسین در  زعفران سرگل نگین  به شکل معنی­داری کاهش یافت (05/0P<). همچنین با افزایش توان تابش PIR و تعداد پالس PIR و کاهش فاصله، میزان پیکروکروسین در  زعفران سرگل نگین  به شکل معنی­داری کاهش یافت (05/0P<). بررسی تغییرات در پارامترهای رنگی  زعفران سرگل نگین توسط پرتو PIR نشان داد که تغییرات به شکل معنی­داری (05/0P<) در خواص زعفران سرگل نگین نبود و کیفیت در حد قابل قبولی حفظ شد.